Загальна довжина Амудар'ї складає 1437, Сирдар'ї – 2137 кілометрів. Обидві ці річки та його притоки беруть початок за межами Узбекистану, у високогір'ях на схід від кордонів Узбекистану і течуть у північно-західному напрямку, впадаючи в Аральське море.
Бере початок у Гіндукуші, в Афганістані, де називається Вахандар'я, після злиття з нар. Памір називається Пяндж, нижче впадання нар. Вахш – Амудар'я. Стік формується переважно на території гірської країни Паміро-Алай (75% басейну річки знаходиться у Таджикистані).
Арал – замкнута природна безстічна водойма. Але в нього впадають дві найбільші річки Центральної Азії – Амудар'я та Сирдар'я.