Глікоген у м’язах використовується для забезпечення роботи самих м’язів, а глікоген у печінці призначено для підтримання постійної концентрації глюкози в крові, що важлива насамперед для нормальної роботи мозку, який не має власних запасів енергії.
Глікоген м’язів слугує резервом енергії і не бере участі в регуляції рівня глюкози в крові. У м’язах відсутня глюкозо-6-фосфатаза, тому глікоген м’язів не може бути джерелом глюкози в крові. З цієї причини коливання вмісту глікогену в м’язах менші, ніж у печінці.
Глікоген печінки здебільшого постачає глюкозу в кровотік під час періодів голодування, а той, що зберігається в скелетних м’язах, забезпечує глюкозою м’язові волокна під час фізичного навантаження.
Глікоген утворює енергетичний резерв, який може бути швидко мобілізований за необхідності заповнити раптову нестачу глюкози. Глікогеновий запас, однак, має меншу енергетичну цінність, ніж запас тригліцеридів (жирів).