Принцип гри такий самий, як і в класичному кросворді-судоку, тільки тут замість цифр зображення тварин. Щоб вирішити кросворд-судоку, ти маєш заповнити порожні клітини таким чином, щоб жодна тварина не повторювалася в рядках і стовпцях великого квадрата.
Судоку грає на ігровому полі, що складається з 9 на 9 клітин, всього 81 клітина. Усередині ігрового поля знаходяться 9 "квадратів" (що складаються з 3 x 3 клітин). Кожен горизонтальний рядок, вертикальний стовпець і квадрат (9 клітин кожен) повинні заповнюватися цифрами 1-9, не повторюючи жодних чисел у рядку, стовпці чи квадраті.
У судоку правила гри дуже прості і дозволяють виключити численні рішення. У кожному рядку чи стовпці проставляються цифри від 1 до 9. Також значення не повторюються у межах малого блока. Судоку розрізняються за рівнем складності, який залежить від кількості заповнених числами клітин та методів розв'язання.
Від гравця потрібно заповнити вільні клітини цифрами від 1 до 9 так, щоб у кожному рядку, кожному стовпці і кожному малому квадраті 3×3 кожна цифра зустрічалася лише один раз. Складність судоку залежить від кількості спочатку заповнених клітин та від методів, які потрібно застосовувати для її вирішення.