Прямі рейси в Токіо літають з Москви, Іркутська, Хабаровська, Владивостока і Южно-Сахалінська, з Санкт-Петербурга – тільки з пересадкою. Перевезення здійснюють «Аерофлот» із Шереметьєво, «Ес Севен» та «Японські Авіалінії» з Домодєдово.
Прямі рейси з Токіо Росії виконують авіакомпанії: Аерофлот, Північний Вітер (Nordwind Airlines), S7 Airlines, Азербайджанські авіалінії (Azal), Якутія та Аврораіз Москви, Владивостока та Хабаровська. Рейси з пересадкою, як правило, дешевше. Такими рейсами Japan Airlines і All Nippon Airways з Москви та Владивостока.
Як зараз потрапити до Японії з Росії Прямих рейсів із Росії до Японії немає. Потрапити до країни можна з пересадками. Наприклад, на 28 листопада переліт з Москви до Токіо зі стиковкою в Стамбулі обійдеться в 73 380 Р. Відлетіти цього ж дня з двома пересадками, наприклад, в Єревані та Сеулі, можна дешевше – за 50 189 Р.
Щодня курсує як мінімум два поїзди без зупинок. Час у дорозі становить від шести до семи днів (від 144 до 166 годин). Купити квитки на поїзд можна від 110 євро (10000 рублів).